# apt-get install polipo

Firefox ha una gestione della cache, diciamo così, farlocca (in realtà pare sia proprio una scelta implementativa), e se trova un errore ti svuota la cache, così ad esempio ad ogni crash del browser riparti da zero. Certo è un po' strano che te lo faccia ogni volta (sia da utente che da root? anche creando diversi profili?) a meno che, non so, per chiudere il browser lo uccidi o qualcosa del genere.

Comunque installando una proxy cache vivi felice, se fai molto uso della cache e usi firefox è quasi indispensabile IMHO.
Esistono anche estensioni apposite come CacheFixer, ma a volte rendono instabile Firefox, perciò... comunque puoi darci un'occhiata.