Perchè hai dichiarato inputIndice come String.
Per poter funzionare devi utilizzare il metodo equals.
codice:
private void nomeMetodo(){
...
String inputIndice;
..
do{
 inputIndice=JOptionPane.showInputDialog(...);

 // Utilizza una delle due .... o entrambe 
 if(inputIndice.equals(null)) return; // esce 
 if(inputIndice.equals("")) return; // esce 

 // con == NON ESCE 
 // if(inputIndice==null) return; // come mai non mi esce da nomeMetodo?
} while(!Utilita.testaStringa("^\\d+$", inputIndice));
qualcheMetodo(inputIndice); // riga n
...
} // di nomeMetodo
Ciao,
Brainjar.