E' il famoso bug dei 3px di IE. Devi impostare un foglio di stile alternativo:

codice:
#colonna-1 {
  margin-right: -3px;
}

#colonna-2 {
  height: 0;
  margin-left: 0;
}
Il CSS va richiamato con un commento condizionale:

codice:
<head>
<!--[if IE 6]>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="ie.css" />
<![endif]-->
Solo IE riconosce i commenti condizionali, quindi il codice non interferirà con gli altri browser. ciao