>il GetTimer continuerebbe a segnare il tempo corretto?

Si, perchè al getTimer non serve l'ora, servono "i battiti". Lo puoi provare empiricamente. Crei un filmato, ci scrivi dentro:
codice:
setInterval(function(){trace(getTimer())}, 1000);
e lo lanci. Anche se cambi l'ora o il giorno, continua a tracciare regolarmente in sequenza i millisecondi dall'avvio del filmato.