fai un foreach su _POST
codice:
foreach($_POST['chk'] as $value )
        
               $query = "DELETE FROM tabella 
                         where id = '$value' 
                         LIMIT 1 ";
               mysql query($query);
}
Prova prima di eseguire mysql_query ... a stamparla la query. Cosi' ti rendi conto. Il LIMIT ha la funzione di limitare eventuali danni, personalmente lo metto sempre quando so che la riga da cancellare deve essere una e una sola.