Da una ricerca con google ho trovato che su Debian per compilare il kernel via xconfig col supporto alle qt sono necessari questi pacchetti:

libqt3
libqt3-dev
libqt3-headers
libqt3-mt
qt3-dev-tools

Pero` mi sembra strano che togliendo il pacchetto di un kernel ti venga rimosso anche uno di questi :master: