A parte che se esegui questi semplici step non dovresti avere problemi:

1) stop a mysqld da servizio.
2) apri una shell con cmd e ti porti in mysql\bin.
3) dai il comando:
c:\tuo_path\mysql\bin\> mysqld-nt --skip-grant-tables

4) poi :
c:\tuo_path\mysql\bin\> mysql -u root

a questo punto dovresti essere connesso.

5)
mysql> UPDATE mysql.user SET Password=PASSWORD('newpwd')
-> WHERE User='root';

mysql> FLUSH PRIVILEGES;

6) fine della fiera quit.. occhio solo alle versioni che usi di php e a quelle di mysql. PASSWORD potrebbe essere OLD_PASSWORD()