In linea di massima, tidy prende una pagina (funzionante) e la trasforma in una pagina XHTML corretta.
Non riesce a fare tutto, ma le cose principali le sistema.
Attenzione: ci sono varie funzionalita`, per cui conviene leggersi la documentazione, prima di farlo girare.

Ti conviene salvare la pagina corretta con un nome diverso, e poi fare il confronto.

Se vedi che funziona bene in una tua pagina, puoi anche fare il tutto in modo automatico o quasi.
Chiaramente dopo dovrai intervenire sul CSS per dare le caratteristiche di presentazione che desideri.

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Ma scusa, se usi PHP, le pagina non sono statiche ... allora devi modificare il codice PHP, non correggere pagine HTML.
In tal caso una RegExp del tipo di quella sopra puo` aiutarti.