1) creare un link che apra la suddetta finestrella.
usi javascript per lanciar euna popup al click dell'utente (cerca sul forum se non lo sai fare) passando in querystring evenmtuali parametri che possano essere utili al php che starà dietro la finestrella (per esempio per estrarre qualcosa da DB secondo dei parametri)

2) fare in modo che il risultato della ricerca nelle finestrella, venga ripassato alla pagina principale in una delle caselle di testo (ovviamente con un click su un link)
usi l'oggetto opener di javascript (documentati)

3) ripetere questo procedimento per ogni casella di testo della pagina iniziale, facendo, però, in modo che non venga ricaricata la pagina iniziale vuota, ma che mantenga nelle caselle di testo, le ricerche già effettuate.
sempre opener... DHTML... semplicemente quando clicchi per aprire la popup devi avere un qualche meccanismo che passi alla popup il nome dello specifico campo di input (lo puoi passare in querystring) che vuoi riempire dalla finestrella (dovrai avere un link per ogni input chiaramente)...
poi la popup estrarrà quel che vuoi da DB... e cliccando su ognuno di questi record andrai a fare una cosa tipo

opener.form.nomeinput.text = "quello su cui ho cliccato"...

mo' la sintassi JS magari non è giusta perchè no ci smanetto da tanto... ma il meccanismo dovrebbe essere corretto.. documentati sul forum JS perchè fondamnetalmente PHP qui è solo marginale (sarebbe lo stesso s ela popup aprisse unapagina HTMl statica)