Eccomi di nuovo, credevo di aver risolto...
Il problema non ce l'ho nel percorso del file menu.php ma nei link interni delle pagine.
Mettiamo che ho una cartella pagine con dentro prima.php, seconda.php,
nell'array il percorso del link partendo da index.php è pagine/prima.php e pagine/seconda.php, ma una volta che sono dentro la pagina prima.php per andare a seconda.php devo avere il percorso senza il nome della cartella. Come faccio?