Non so che dirti. Io ho installato sarge da DVD e poi ho fatto l'upgrade e tutto è andato bene.
Recentemente però provando a fare l'upgrade ho notato che voleva togliermi un sacco di programmi (principalmente pezzi di gnome, per via di dipendenze non soddisfatte. In altre parole c'erano librerie e programmi più recenti, ma senza le dovute dipendenze; così per installare quelli, toglieva via qualche pezzo più vecchio.

Se tu hai fatto l'upgrade recentemente, questo potrebbe essere un motivo. L'unica a questo punto è o downgradare a sarge (e poi un nuovo upgrade pezzo per pezzo facendo ben attenzione a quello che mette e a quello che toglie) o aspettare che completino le repository con tutte le dipendenze giuste (sempre che nel frattempo non aggiungano qualche altra libreria nuova).

mcz
P.S.: l'upgrade proprio per questo motivo lo faccio sempre con interfaccia grafica così mi è più comodo vedere cosa toglie.
E se non mi convince aspetto.