eviterei il txt...

ma se proprio vuoi farlo con i txt il modo migliore che mi viene in mente è avere un txt per ogni news ("$id.txt".. dove $id rappresenta l'id della news... poi dipende da come è strutturato il tutto...) e organizzare internamente il txt come meglio credi... usando un separatore tra i vari commenti...

non è che possa dirti molto di più se nnon so come hai strutturato il resto