A mie spese ho scoperto che non va MAI toccato il contenuto della cartella "Programmi" a meno che non restano "residui" di disinstallazioni mal fatte.

Piuttosto, dentro alla cartella "Menu Avvio" (allo stesso livello di "Programmi") crea un'altra cartella in cui metti le voci che ti interessano, praticamente ti crei un altro menu presonalizzato, senza toccare il menu originale. Nota che se vuoi i collegamenti dei programmi installati nel tuo menu, devi copiarli dall'origine, e non spostarli.