Io ho usato Zinc in un paio di occasioni e avevo anche provicchiato gli altri software simili, tipo Jugglor.
Zinc IMHO vince il confronto perchè intanto ha un'interfaccia migliore degli altri (alcuni nemmeno la hanno, aggiungo funzionalità a livello di programmazione ma poi non permettono personalizzazioni grafiche, Zinc invece fa entrambe le cose), Zinc ha una versione anche per Mac OSX e anche per quella Windows esiste in un plugin che permette di esportare anche per Mac OSX, quindi puoi esportare per più piattaforme dallo stesso file cosa imho non poco rilevante.
Gli eseguibili senza richiesta di conferma puoi lanciarli anche con l'fscommand exec di Flash, anche se usando Zinc dovrai usare un altro comando (mdm.System.Exec).
Zinc da più di 800 comandi, da quelli più semplici ad altri che pochi hanno, tipo la scrittura nel registro di windows o simili, inoltre ha di interessante la possibilità di creare delle trial/demo attivabili tramite numero di serie.
Volendo puoi provarlo (v. link in firma ) senza limiti di tempo, chiaramente la demo lancerà un messaggio insieme alla tua applicazione però a parte quello non ha limitazioni di tempo o di funzionalità.

Il procedimento con Flash e Zinc è di questo tipo.

In Flash ti crei il tuo file .swf, il codice aggiuntivo di Zinc lo scrivi come normale Actionscript, quindi ad esempio se vuoi avviare un'applicazione quando viene premuto un puslante potrai scrivere

pulsante.onRelease = function(){
mdm.System.Exec("file.exe")
}

Dopo di che apri Zinc, scegli l'swf che hai creato, applichi le eventuali personalizzazioni a livello grafico (transizioni, icona, messaggi, copyright e quant'altro) e infine esporti l'exe finale.

Puoi anche creare un file di setup per l'installazione del tuo software, sempre tramite Zinc.