Io sto progettando un mio CMS modulare... senza arte ne parte... l'arte del php me la faccio piano piano, imparo e via... .
Nn ho fatto skemi a blokki... cioè su carta no... in testa si... .
Cmq mi pare d aver capito ke generalmente esiste uno script principale ke si occupa di coordinare tutti gli altri script, è lo script ke in sostanza disegna la pagina in toto(un mainfile.php, un kernel.php, un pagebuilder.php) quello script è dipendente da tanti altri script ke si occupano di varie parti ke generalmente sono: libreria grafica o theme(cioè funzioni o oggetti ke definiscono le cornici, i bottoni, i css, le form, etc)e i moduli(i vari sotto programmi ke verranno visualizzati dallo script principale e il cui layout verrà definito con la libreria grafica).
Principalemnte sono queste 3 parti ke a loro volta possono essere divise in altre sottoparti spesso x motivi d ordine, per rendere il codice kiaro e facilmente modificabile.
I vari moduli poi descrivono tutte le funzionalità e posson gestire gli account, la sezione admin, un forum etc etc.
Io sono partito dallo script principale... mi sono kiesto cosa deve fare e come lo posso comandare con le variabili superglobal... ho creato il mio linguaggio d comunicazione con lo script principale.
Principalmente rikiama codice da visualizzare e allora sono passato alla grafica ke deve rikiamare progettando una libreria, un theme un mega script ke contiene tutte le funzioni ke disegnano la pagina. Poi il mio script principale può rikiamare sotto programmi e allora ho cominciato a creare le varie parti ke possono essere rikiamate una x una... principalmemte il lavoro è questo secondo me...

[script principale(costruttore di pagine)]<--rikiama--[script di grafica]
[script principale(costruttore di pagine)]<--rikiama--[modulo1, modulo2, modulo3,etc.]<--definiti con--[script di grafica]

Lo script principale "include()"(...) altre parti di codice a seconda delle impostazioni passate attraverso metodi GET o POST e dunque saranno selezioni con if o case di parti codice contenute in altri file .php le cui guardie saranno decise dalle variabili superglobal passate come parametro allo script principale.

Io sto ragionando così... pensando poi al modulo x gestire gli articoli si può strutturare il DB e programmare il modulo "articoli" x poter interagire con esso...
Questa è una soluzione generale ke sto attuando... ma nn credo sia l'unica...