Al volo mi viene così:

codice:
var PRIMO_ARRAY   = ["A", "B", "F", "C", "H"];
var SECONDO_ARRAY = ["F", "H", "A", "I", "D"];

function sottrai(a, b)
{
	var c = new Array(), i, j, found;
	for(i = 0; i < a.length; i++)
	{
		found = false;
		for(j = b.length - 1; j > -1; j--)
		{
			if(a[i] == b[j]){
				b.splice(j, 1);
				found = true;
				break;
			}
		}
		if(!found)c.push(a[i]);
	}
	return a.concat(b);
}
trace(sottrai(PRIMO_ARRAY, SECONDO_ARRAY));