Explorer fa schifo, purtroppo l'hai scoperto a tue spese..
Non ho capito bene, ma se hai fatto il sito con i css, non tutto il lvaoro è perso, anzi..
Io lavoro con xhtml e css, è più semplice di quanto si possa pensare, ed ho la possibilità di monitorare, passo passo, le differenze di visualizzazione dei css con i diversi browser..
Fai così: per ogni div, elemento o quel che è, imposti dei valori nei css. Visualizzi il risultato con firefox - questo rispetta il tuo codice - e poi con explorer. Magari troverai delle differenze, specie nel posizionamento degli oggetti. No problem. Se inserisci un secondo valore preceduto da "/", questo verrà letto solo da IE.
Es.:

.oggetto1 {
position:absolute;
left:20px;
left:/25px;
}

Il secondo valore lo legge explorer e non firefox. A me questo piccolo hack funziona bene
Quindi, se hai usato i css per IE, non hai perso tutto il lavoro: devi solo trovare i valori per firefox..