Per la popup:
ricorda che una buona percentuale di utenti non abilita le popup, per cui non mi pare una buona idea ...

Per risponderti, dovrei capire meglio, e dovrei vedere lo script che stai usando.
In particolare devi dire molto chiaramente cosa esattamente c'e` nella principale, cosa c'e` nella popup e dove sta lo script.

Dalla popup, per raggiungere i campi (tipo text) che stanno nella principale (supponendo non ci siano frame):
winodw.opener.document.NOMEFORM.NOMECAMPO.value

(nel tuo codice ci sono errori di sintassi).