Il consiglio è sempre di formattare in ntfs, gestisce un filino peggio lo spazio su disco, però assicura migliori criteri di protezione.
Se vuoi installare due OS identici sulla stessa macchina problemi non ce ne sono, unica cosa è che quando andraia a sostituire uno dei due con xp dovrai anche modificare il file boot.ini, altrimenti è facile che rileverà, o andrà a cercare, anche l'OS che non c'è più.

Per il tuo problema con l'installazione mi vengono in mente un paio di cosette...controlla il cavo ide e se è il caso sostituiscilo, controlla anche il jumperaggio dell'hd sfigato, ultima cosa: l'hd che hai attaccato è nuovo o è di riciclo?