anche a me è capitato un problema simile: non riuscivo ad impostare l'altezza per I.E.. Non so se è corretta la causa, ma nel mio caso I.E. interpretava l'altezza ereditando le impostazioni di dimensione del testo e dell'interlinea.

a meno che non debba contenere testo; puoi risolvere aggiungendo a mnSepRed la regola:
font-size: 1px


inoltre, siccome il div mnSepRed lo usi due volte nel documento dovresti identificarlo con una classe e non con un ID

Ciao!!