Mi spiace di aver generato confusione. Ripulendo il codice per lasciare solo l'esempio del problema mi è "saltato" proprio il div con il clear alla fine del box "split3".
In effetti non mi viene troncato il box. La lista viene esposta qualche px più a destra del necessario e quando si va in hover si sposta nella posizione corretta.
Che sia il background l'ho dedotto eliminandolo dal CSS: così il problema non c'è!

x ricman
Per me il tuo codice è un po' "strano". Potresti dirmi con esattezza l'effetto che vuoi ottenere?
L'effetto è quello di avere la pagina suddivisa in tre blocchi affiancati (split3) ed all'interno di ogni blocco una lista di link.
Per brevità ho indicato solo il primo blocco.
Poi il resto è solo un background sull'hover.