Facendo cosi` setti la variabile myFin come locale della funzione. Quando la funzione e` terminata, la variabile e` persa.

Vedi questa modifica:
codice:
<script type="text/javascript">
var MyFin;
function EseguiComandi(MyVar) {
	MyFin=window.open(MyVar);
	setTimeout("MyFin.close()",3000);
}
</script>
PS. Questo script andrebbe posizionato nella head, non nel body.