non so quanto sia fattibile ...

c'è da vedere se la file reference in qualche modo ti permette di leggere l'output che viene inviato dalla pagina web ... in quel modo puoi anche gestire eventuali controlli

oppure dopo che viene uploadato, esegui i controlli e lo elimini se lo devi eliminare, e segni l'informazione in un log ... dopo di che quando richiedi il file tramite ajax da php ti fai spedire il messaggio precedentemente salvato

come ultima alternativa ...

http://livedocs.macromedia.com/flash...=00002216.html

ovvero registri onHTTPError ... e dato che prende due parametri, il le info sul file + il codice di errore ritornato dalla pagina ... semplicemente fai ritornare a php degli errori usando header che corrispondono, per te, a dei specifici messaggi