Forse mi son spiegato male io!
Intendevo... negli script che sono in init.d e che partono all'avvio sotto root...all'interno vi qualcosa del tipo su nomeutente -c comando...
questo significa che l'utente diventa un altro! Ma se l'utente è diverso dai file di configuraz. che sono di root... come fa ad accederci il processo?!

spero di esser stato chiaro...