Scrivere in un file txt

[Eyescream]

le graffe puoi toglierle, le uso solo per abitudine ormai
non funziona perchè non ricordavo che file() tenesse i newline
al posto di $lista=file('lista.txt');
utilizza

$filename='lista.txt';
$handle = fopen($filename, "r");
$contents = fread($handle, filesize($filename));
fclose($handle);
$lista=explode("\r\n",$contents);

ho modificato il codice c'era un piccolo errore che hai notato infatti