Sempre seguendo l'esempio io vorrei ottenere:

A-B-C

ovvero togliere gli elementi comuni: F e H

non mi sembra sia proprio così..

Se sottrai le due erray dell'esempio
var PRIMO_ARRAY = ["A", "B", "F", "C", "H"];
var SECONDO_ARRAY = ["F", "H", "A", "I", "D"];

...dovresti casomai ottenere solo B,C

In tal caso basta modificare la riga di return in questo modo:

return c;

Attenzione però che nella funzione viene utilizzato uno splice che modifica l'array

b.splice(j, 1);

quindi alla fine SECONDO_ARRAY avrà solo i valori I e D