Prova così:

codice:
$nuovo=array();
for ($i=0;$i<count($riferimento);$i++)
{
 $nuovo[$i]=1;
 for ($j=0;$j<count($array);$j++)
 {
  if ($array[$j]==$riferimento[$i])
  {
    $nuovo[$i]=$riferimento[$i];
  }
 }
}