la tua pendrive dovrebbe essere vista come device sda e quindi potresti provare a cancellare la partizione esistente tramite "parted" (come utente root):

#parted /dev/sda

e utilizzare i comandi a disposizione (H per la lista)


oppure potresti utilizzare la versione grafica "qtparted" (disponibile in alcune livedistro su cd come la Knoppix) in modo da semplificare le operazioni.