Prendi quello che ti dico con le molle .. pero' puo' esserti utile per farti un'idea prima di decidere di cambiare provider .
Esistono script ftp in php. Qui sono inseriti ,in genere in una config-inc.php, i dati di accesso ftp .
Potresti impostare questi script affinchè vedano solo le cartelle da te preimpostate .
Magari puoi creare una cartella protetta da pass per ogni tuo clientedove all'interno metterai lo script ftp in php che potra navigare solo all'interno delle directory assegnate a quel cliente .
Spero di essermi spiegato e , sopratutto , che la cosa sia possibile e che ti possa tornar utile.