il codice client non può chiamare una funzione che viene eseguita lato server (dal momento che il codice lato server viene interpretato prima di restituire l'output e quindi anche il codice js incluso)

devi agire in altro modo, ovvero da js puoi chiamare la pagina php passando come parametro la funzione da eseguire. Dalla pagina php fai un $_Request del parametro e richiami la funzione con l'istruzione php call_user_func_array.

Puoi integrare con ajax, ovvero l'oggetto xmlhttprequest per javascript in modo da non dover ricaricare la pagina.