Non puo usare il php dentro un tag <SCRIPT LANGUAGE="JavaScript1.1">, perchè il browser tenterà di eseguire il codice come un javascript, devi dinstinguere i due script, oppure puoi far eseguire il php a document.write(""); che è l'equvalente di echo "";.
Controlla comunque che il percorso del file sia effettivamente quello nell'url di window.open, cos' com'è presuppone che il file popup.php sia nella stessa cartella del file che lo richiama.