Puoi avere quante finestre vuoi: un applet java ha capacità grafiche in tutto e per tutto simili ad un'applicazione desktop. Le limitazioni invece sono legate alla sicurezza, per cui un applet java non ha accesso, di norma, a risorse del sistema client nè a risorse fuori dal sito (cartella e sottocartelle) su cui è ospitata.
Perché JSP?