ammesso e non concesso che l'interprete (java.exe) sia raggiungibile da qualunque percorso (ossia è settato nel PATH), se la tua applicazione è quella che hai scritto, ossia con
codice:
package prova;
devi metterti al di sopra (fuori) dal package prova, quindi in

codice:
C:\Java Application\Prova\src>
e da lì chiamare java prova/Prova

codice:
C:\Java Application\Prova\src>java prova/Prova