E' meglio se posti il codice di upload.
Comunque per sostituire gli spazi puoi utilizzare una semplice
codice:
 $nuovonome = str_replace(" ", "_", $nomefile);
Per non sovrascrivere usa
codice:
 if(!file_exists($nomefilesulserver)){
   //cambia il nome del file
 }
Occhio! ovviamente prima sostiutisci gli spazi e poi controlli