per creare livelli sopra un flash bisogna impostare la proprietà wmode del flash, ad es.

<object...>
<param name="wmode" value="transparent" />
...

<embed src... wmode="transparent" />

</object...>


per sicurezza - se stai usando un layout a blocchi - potresti fare in modo di impostare lo z-index del blocco che contiene il flash ad un valore minore rispetto agli altri.

Ma in teoria la prima soluzione dovrebbe funzionare bene da sola.