raster del documento è impostata su 72 ppi o meno... da dove la cambio
l'opzione per cambiare la risoluzione la trovi in:
Effect > Document Raster Effects Settings

inoltre mi dice che il documento contiene delle artwork che richiedono flattening, dove trovo delle info a riguardo nel help non sono molto chiari e spiegano sommariamente
per quanto riguarda invece il "Flattening" viene utilizzato quando ci sono aree del disegno in trasparenza.
se infatti si esporta in un formato differente da Illustrator (come credo sia il tuo caso il Pdf, oppure per esempio in eps), il programma dice di fare attenzione perchè magari il risultato che si verrà ad ottenere sarà diverso da quello visto in I.

di conseguenza I. analizzerà tutte le regioni affette da Trasparenza e tenterà di convertirle in vettori o in caso contrario saranno da rasterizzare (questo lo decidi tu in base al settaggio che gli dai).
High resolution = vettori
Low resolution=raster

per vedere il Flattening puoi andare in Windows >Flattener Preview

se salvi in pdf (Acrobat4) o eps prima di salvare ti si apriranno le classiche finestre dove vedi tutte le impostazioni...
ecco li così puoi decidere la modalità di flattening

per il pdf 1.3 sarà nelle opzioni avanzate (Advanced) nel menù a tendina che ha come titolo "Overprint and Trasparency Flattener Options"

mentre per l'EPS direttamente nel menù a tendina della "Trasparency"

spero di essermi spiegato