Devi appunto personalizzare le veriabili indicate in quel file secondo le specifiche del tuo webserver e le tue necessità...

Se capisci l'inglese puoi seguire i commenti direttamente nel file, ad esempio:

// URL link to homepage (the link under "home" icon).
// These value will not influence the script working
//
$homeurl = "http://www.yourdomain.tld";

Devi metterci il dominio del tuo sito...

// Administrator e-mail address
//
$admin_email = 'user@yourdomain.tld';

ci metti la tua email, o una creata apposta da te relativa al servizio di filemanager. Per tuo intendo quella del cliente se non è il tuo sito personale...

// $domain_name: the domain of your site without trailing 'http://' (eg. www.mysite.net)
// $script_folder_path: the path where phpATM is located relative to the domain name
//
$domain_name = 'www.yourdomain.tld';
$script_folder_path = 'folder1/folder2';
$installurl = 'http://' . $domain_name . '/' . $script_folder_path;

indichi il dominio senza http etc... e la path dove si trova lo script cioè la cartella del sito in cui hai caricato i files del file manager...

// You have to change next settings if you wish use non-default folders
// Highly recommended to change folders name to improve security
//
$users_folder_name = 'users';
$userstat_folder_name = 'userstat';
$uploads_folder_name = 'files';
$languages_folder_name = 'languages';
$stats_folder_name = 'stats';
$viewers_folder_name = 'viewers';
$cfg_folder_name = 'cfg';

indicano i nomi delle cartelle di lavoro dello script, puoi personalizzarne il nome, e quindi qui dovrai indicare come le hai chiamate. Altrimenti lasci invariato se usi quelle di default dello script.

// The default status of a new uploaded file:
// 0 - new files do not require admin approval to be listed
// 1 - admin approval is required before a new file can be listed
//
$validation_enabled = 0;

Decidi se ogni file caricato da un utente deve essere prima approvato dall'admin o se diventa subito disponibile nella lista files etc...

Queste sono alcune variabili tratte dal file conf.php per farti un esempio, ce ne sono molte altre da configurare secondo la personalizzazione scelta etc...

E' più chiaro?