non so se ho capito bene, cmq ti do un idea:

<!--
function PopupNews(id_news) {
var w = 400;
var h = 250;
var l = Math.floor((screen.width-w)/2);
var t = Math.floor((screen.height-h)/2);
window.open("pop/news.php?id=id_news","","width=" + w + ",height=" + h + ",top=" + t + ",left=" + l);
}
//-->
e lo richiami così:

echo"<a href=\"javascript:Popupnews(<?php echo($id) ?>)\"> ...link2 </a>";
funziona?