Ma vuoi fermarle dopo un tempo preciso o dopo un certo numero di ripetizioni??!!

Per fermarle dopo un tot di secondi puoi utilizzare l'azione
setInterval(nomeFunzione, intervallo)

Dovrai prima nominare le due istanze, ad es "frecceSopra", "frecceSotto".

Quindi nel primo frame inserisci questo script:
codice:
function fermaFrecce() {
	frecceSopra.stop();
	frecceSotto.stop();
	clearInterval(intervallo);
}
intervallo = setInterval(fermaFrecce, 3000);
La funzione fermaFrecce sarà richiamato da intevallo dopo 3 secondi (il valore è espresso in millisecondi).
L'azione clearInterval serve per cancellare l'intervallo, altrimenti la funzione verrebbe richiamata ciclicamente ogni 3 secondi.