Io faccio ogni notte (con crontab) una copia di backup del db e dei dati che mi interessano su un alta macchina.
Lo script shell che ho scritto fa le seguenti cose:

1) monta la cartella del server di backup
2) copia i file che scelgo
3) fa un dump del db mysql
4) smonta la cartella del server di backup

Ovviamente sul server (o pc) di backup deve esserci samba attivo (se linux) o una cartella condivisa (se win).

Se ti interessa te lo giro.