Ma guarda, io ho provato questa pagina html
codice:
<link rel="stylesheet" href="a.js">
<body>
  <div id='a1' style='position:absolute;top:100;left:100;width:auto;height:auto' class='opaque'>sdfsdgf</div>
</body>
Con questo js
codice:
.opaque { 
opacity: .5; 
filter: Alpha(opacity=50); 
background-color:red;
}
e il filtro lo vedo (il rosso l'ho messo per notarlo meglio).
Sei davvero sicuro del link? Non è che ti sembra giusto perché punta ad un altro foglio di stile dove non c'è la classe opaque?
Se modifichi la classe opaque nel file js (tipo mettere lo sfondo rosso), vedi le modifiche?