le soluzioni sono varie, dalla più semplice ala più complessa. Sta a te sceglere.

1) Copiare ed incollare porzioni di codice nella textarea sql di phpMyAdmin ed eseguire le qeries un po' ala volta.

2) Andare sul sito php.net, cercare in_set (è una funzione) e vedere con quale comando si imposta manualmente il tempo massimo di esecuzione di una pagina.
Ho detto di una pagina perchè il max_execution_time si riferisce alla pagina intera e non a parti di essa. Ciao!