La sicurezza e riservatezza dei dati di MySQL è demandata alla sicurezza/protezione del filesystem su sui vengono salvati tali dati: non c'è nulla di strano se li vedi "via Notepad". Come ad esempio con le mail e PGP, se vuoi puoi criptare i dati prima di inserirli. Quindi la sicurezza dipenderebbe da:

- filesystem del server
- tuo programma.