Non conosco java abbastanza per poterti dare info cosi complesse.

Perl abbonda di librerie XML e la scelta dipende da quello che devi fare. La documentazione è in genere molto chiara.

Perl è in grado di fare tutto anche da solo, per le prestazioni rispetto a Java non saprei dirti, penso che molto dipenda dal fatto se le librerie Perl che vai ad usare sono ottimizzate in C o sono Pure Perl (nel secondo caso portabili, ma più lente).