Ciao! Anche se non hai spiegato dettagliatamente la struttura del layout che stai realizzando, penso di aver capito il problema.

Prima di tutto, ricorda che Firefox ha quasi sempre ragione. E' IE la fonte dei veri grattacapi per noi poveri webmaster!
Premesso questo, se ho capito bene, tu hai un div che contiene la colonna flottante, giusto? Ma anche il div dell'altra colonna è flottante? Se è così, è normale quello che si verifica. I box posizionati con float sono "estratti" dal normale flusso del documento e quindi non lo influenzano minimamente. Se vuoi che il box che contiene le colonne flottanti possa essere alto quanto la più alta di esse, devi dichiarare flottante anche lui. Infatti, se un box contiene solo elementi flottanti e non ha un'altezza specificata, la sua altezza sarà nulla (ovviamente IE fa di testa sua e assegna circa 18-22px di altezza ad un div vuoto!). Per farti un es., se hai un codice XHTML così:

<div id="contenitore">
<div id="colonna1">...</div>
<div id="colonna2">...</div>
</div>

e sia colonna1 che colonna2 sono flottanti, se non hai una height impostata per l'elemento contenitore, questo avrà altezza nulla. La soluzione è dichiarare float: left anche il box contenitore. Ovviamente, il box contenitore deve avere anche una width dichiarata pari alla somma delle larghezze delle due colonne, oppure pari al 100% del suo eventuale elemento contenitore.

Spero di esserti stato utile!