Ciao. Ho dato un'occhiata a grandi linee al codice CSS e ho visto che hai l'elemento navigation posizionato in modo assoluto. Gli elementi posizionati in questo modo assumono automaticamente uno z-index maggiore degli altri (posizionati nel normale flusso, ovvero in modo statico). Inoltre, vengono estratti dal normale flusso del documento e quindi non ne condizionano il layout. Per questo, quando la tua navigation è più alta del content, l'altezza che il browser considera è sempre quella del content (che è position: static di default). Un layout come il tuo richiederebbe di sapere con esattezza quale delle colonne sarà sempre e comunque la più alta e di posizionare in modo statico tale colonna. Tuttavia puoi risolvere il problema utilizzando la proprietà min-height per la colonna content. Dato che è questa la colonna più alta normalmente e che è posizionata im modo statico, ti basta fissare un'altezza minima che sia in grado di contenere sempre l'altezza della colonna navigation.

Ovviamente, IE non interpreta min-height, ma dato che non interpreta nemmeno la direttiva !important e considera height come se fosse min-height, puoi ricorrere a questo semplice hack:

codice:
min-height: 600px;
height: auto !important;
height: 600px;
In questo modo, sia IE che gli altri browser manterranno comunque un'altezza minima di 600 pixel per l'elemento content, forzando la barra inferiore a "stare al suo posto". Chiaramente, modifica il valore di height e min-height secondo le tue necessità.