mmmhh..diciamo che certe cose le puoi fare in flash o in html, ma il risultato, secondo molti aspetti, è completamente diverso..sono proprio due tecnologie diverse..dipende, ocme sempre, da quello che si deve fare: in genere, per pubblicare contenuti, html è migliore. Se il sito deve comunicare un certo appeal estetico, più che delle informazioni, magari flash - o html e dei buoni css - può essere la soluzione. Però ti ripeto, dipende dalle esigenze, dalle capacità..
Poi non si è capito molto di che tipo di modifiche apportare al sito della tua azienda: puoi dirci qualcosa di più specifico? puoi segnalarci eventualmente il link?