come fai ad avere una relazione molti a molti con una tabella di unione????..

comunque... la tabella categorie non serve. Devi fare un LEFT JOIN tra la tabella di unione e la tabella convenzioni, per forza di cose la relazione sara' con i campi relazionati. Siccome chiederai TUTTI i record di "convenzioni_categorie" ne conviene che in caso di mancanza di relazione nella tabella "convenzioni" essendo unita tramite un LEFT JOIN, questa presentera' un NULL come campo equivalente. A questo punto nel where metti la condizione "dove il campo e' NULL" ed e' fatta.
codice:
SELECT *
FROM convenzioni_categorie as ca
INNER JOIN convenzioni as co
ON co.id_convenzioni = ca.id_elemento_principale
WHERE co.id_convenzioni IS NULL
meglio spiegare che far cadere dall'alto...