e il popup lo vorrei fare tipo quei popup flash con la x per chiudere la finestra grafica...
non puoi, le finestre dei browser sono fisse. Solo l'internet explorer permette di creare finestre diverse. C'è un articolo in prohtml.it (ovviamente però ti giochi la compatibilità con gli altri browser)
Io ti consiglierei, eventualmente, di creare una falsa finestra utilizzando i livelli e il metodo
document.getElementById('mioLiv').innerHTML = ...