Un modo per farlo aprire da quello che vuoi tu è aprire il registro di sistema con regedit, poi andare in:

codice:
HKCR\SOFTWARE\Classes\jarfile\shell\open\command
e mettere una stringa con scritto dentro:

codice:
"C:\Programmi\Java\jre1.5.0_06\bin\javaw.exe" -jar "%1" %*
Notare che HKCR sta per HKEY_CLASSES_ROOT e il percorso del file javaw può cambiare a seconda di dove hai installato java.

Ciao.